Книга посвящена методам молекулярного моделирования для разработки лекарств. Центральное место занимает докинг, с помощью которого молекулы, являющиеся кандидатами в лекарства, позиционируются в активных центрах белков-мишеней и оценивается энергия связывания белок-лиганд. Проблема докинга сводится к задаче поиска глобального минимума на многомерной энергетической поверхности. Рассмотрены силовые поля, методы квантовой химии, модели растворителя, программы докинга на базе различных алгоритмов, в том числе на новом алгоритме докинга на основе разложения многомерных массивов в тензорные поезда, с помощью которого успешно проведен докинг гибкого лиганда в белки-мишени с подвижными атомами. Книга может быть полезна студентам и аспирантам различных специальностей: физикам, химикам и биофизикам, математикам и программистам, медикам и фармацевтам.
Kniga posvjaschena metodam molekuljarnogo modelirovanija dlja razrabotki lekarstv. Tsentralnoe mesto zanimaet doking, s pomoschju kotorogo molekuly, javljajuschiesja kandidatami v lekarstva, pozitsionirujutsja v aktivnykh tsentrakh belkov-mishenej i otsenivaetsja energija svjazyvanija belok-ligand. Problema dokinga svoditsja k zadache poiska globalnogo minimuma na mnogomernoj energeticheskoj poverkhnosti. Rassmotreny silovye polja, metody kvantovoj khimii, modeli rastvoritelja, programmy dokinga na baze razlichnykh algoritmov, v tom chisle na novom algoritme dokinga na osnove razlozhenija mnogomernykh massivov v tenzornye poezda, s pomoschju kotorogo uspeshno proveden doking gibkogo liganda v belki-misheni s podvizhnymi atomami. Kniga mozhet byt polezna studentam i aspirantam razlichnykh spetsialnostej: fizikam, khimikam i biofizikam, matematikam i programmistam, medikam i farmatsevtam.
